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概要

空間トランスクリプトーム解析は、組織切片上の各細胞の位置情報を保持したまま、遺伝子発現を解析できる技術です。
組織切片に、特定の遺伝子パネルの転写産物に対応したプローブを添加し、切片にハイブリダイズしたプローブを蛍光で可視化します。
組織内の特定の位置にある細胞がどのような遺伝子を発現しているかを明らかにし、組織の構造と機能の関係を解明致します。

弊社では10xGenomics社のXenium Analyzerを用いて解析を実施しております。パネルについては、200～300遺伝子の解析が可能なものから、 5000遺伝子まで解析が可能なものまでご用意がございますので、解析目的に合わせた仕様をご案内可能です。

また、切片サンプルを設置する専用スライドを提供しておりますため、
お客様の元でスライドをご用意いただく必要はございません。
弊社からお送りするスライドにサンプルを貼っていただき、スライドごとご送付ください。
専用スライド費用、送料、解析用パネル費用を含めた価格でご案内しております。

その他ご不明点ございましたらお気軽に弊社こちらよりお問い合わせください。

対応パネル

Xenium Human Breast Gene Expression Panel (280 genes)
Xenium Human Brain Gene Expression Panel (266 genes)
Xenium Human Lung Gene Expression Panel (289 genes)
Xenium Human Colon Gene Expression Panel (322 genes)
Xenium Human Skin Gene Expression Panel (260 genes)
Xenium Mouse Brain Gene Expression Panel (247 genes)
Xenium Human Multi-Tissue and Cancer Panel (377 genes)
Xenium Human Immuno-Oncology Profiling Panel (380 genes)
Xenium Mouse Multi-Tissue Atlassing Panel (379 genes)
Xenium Human 5000 Plex Assay
Xenium Mouse 5000 Plex Assay

対象サンプル

生物種 ：ヒト、マウス
対象組織：脳、肺　etc.
発注単位：2スライド単位

解析フローと納期

サンプル到着から納品まで平均2～3週間で実施いたします。
※特殊案件でなく、機器トラブルなどが無い場合

スライド設置方法

組織部分を枠内に収めてください（下図参照）。
パラフィン部分は白枠に重なってもよいですが、極力収めてください。
※＋マークでカメラの焦点を合わせるため、組織が重なると解析が進まなくなる可能性がございます。
サンプル準備について下記リンクの弊社参考資料もご確認ください。
Xenium In Situ for FFPE_Sample Preparation Guide

納品例

10x Genomics社のXenium Explorer にて解析結果をご確認いただけます。

2次元プロット画像、クラスター散布図
UMAP plotにて次元圧縮（削減）したプロット画像をご確認いただけます。また、解析した蛍光クラスターごとの画像もご確認いただけます。

※Xenium Explorerでは、お客様が解析したいクラスターや遺伝子ごとの結果を自由に見ることができます。

プラン例

プラン例1）
247遺伝子の解析

機種 Xenium Analyzer

パネル Xenium Mouse Brain Gene Expression Panel (247 genes)

納品形態 HDD納品

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プラン例2）
5000遺伝子の解析

機種 Xenium Analyzer

パネル Xenium Human(or Mouse) 5000 Plex Assay
※cell segmentationを含む

納品形態 HDD納品