マクロジェン・ジャパン

NEXT GENERATION SEQUENCE

次世代シーケンス(NGS)

Next Generation Sequencing

弊社の次世代シーケンスサービスは、 NovaSeq、 MiSeq、 PacBioなどの様々なシーケンサーと豊富な経験に基づく確立されたデータ解析パイプラインを組み合わせることで、ヒトから微生物までの幅広い生物種を対象とし、全ゲノムシーケンシングやトランスクリプトームシーケンシングなど、多様なゲノム研究に活用されています。

NGS見積りシステム

アプリケーション

全ゲノムシーケンシング

ヒトやマウスに限らず、様々な生物の全ゲノムシーケンスが可能です。既知のリファレンス情報を使用したリシーケンスはもちろん、Denovoシーケンスについてもご利用いただけます。

プラン例）
ヒト全ゲノム解析
使用機種：NovaSeq X plus
ライブラリ調整： TruSeq DNA PCR Free
リード長：150PE
データ量：90Gb/sample
解析：SNP+SV+CNV解析
納品形態：HDD納品

プラン例）
バクテリア全ゲノム解析
使用機種：Pacbio Revio
ライブラリ調整：SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 (HiFi)
データ量：0.2Gb/sample
解析：De novo assembly + annotation
納品形態：ダウンロード納品
※結果ご報告メールに記載のリンクよりレポートを取得いただき、レポート内に記載されたリンクよりデータをダウンロードいただきます。

トランスクリプトームシーケンシング

ヒトやマウスに限らず、様々な生物のトランスクリプトーム解析が可能です。既知のリファレンス情報を使用したリシーケンスはもちろん、Denovoシーケンスについてもご利用いただけます。

プラン例）
ヒトトランスクリプトーム解析
使用機種：NovaSeq X plus
ライブラリ調整：TruSeq stranded mRNA
リード長：100PE
データ量：4000万リード（4Gb）/sample
解析： DEG+GO解析, KEGGパスウェイ解析
納品形態：ダウンロード納品

プラン例）
ヒトトランスクリプトーム解析（FFPEサンプルを使用）
使用機種：NovaSeq X plus
ライブラリ調整：TruSeq RNA Exome
リード長：100PE
データ量：8000万リード（8Gb）/sample
解析： DEG+GO解析
納品形態：ダウンロード納品
※結果ご報告メールに記載のリンクよりレポートを取得いただき、レポート内に記載されたリンクよりデータをダウンロードいただきます。

エキソーム/ターゲットシーケンシング

ヒトやマウスなど、エクソーム領域における既知の変異検出が可能です。目的の変異が標準対応のリストに含まれない場合はカスタムパネルの作成が可能です。

プラン例）
ヒトエクソーム解析
使用機種：NovaSeq X plus
ライブラリ調整：SureSelect Human All Exon Kit v6
リード長：150PE
データ量：7Gb/sample
解析：SNP解析
納品形態：ダウンロード納品

メタゲノムシーケンシング

土壌、水中、体内など、様々な環境サンプルに存在する微生物群集/遺伝子を解析します。NGS を用いたメタゲノムシーケンシングは、これらのサンプルに存在する微生物群集を効率的にプロファイリングし、様々な環境で機能する微生物の役割を探索できます。

16S rRNA, 18S rRNA Region
特定の遺伝子
Metatranscriptome

空間解析/ in situ

空間的トランスクリプトーム解析を実施可能。FFPEや凍結組織等をお預かりして細胞レベルでの解析を実施致します。

Xenium in situ解析
CosMx SMI 解析
Visium空間的遺伝子発現解析

エピゲノムシーケンシング

遺伝子の転写過程における後成的な調節メカニズムは、DNA メチル化やヒストン修飾が最もよく知られており、そのメカニズムは NGS を利用することで、より効果的に解析できます。

Methylation
Bisulfite conversion: whole genome, target

キャンサーパネルシーケンシング

主要ながん遺伝子および腫瘍抑制遺伝子などを標的としたキャンサーパネルを使用して、遺伝子のエキソンまたはホットスポット変異をHigh depthでシーケンシングを実施致します。多様なサンプル（Formalin-Fixed Paraffin-Embeded（FFPE）等）のDNAから解析可能です。対応可能なパネルのメーカーは以下の通りです。

Thermo Fisher Ion AmpliSeq
illumina TruSight Sequencing Panel
Macrogen AXEN COMPREHENSIVE CANCER PANEL

シングルセルシーケンシング

細胞間の異質性やサンプリングバイアスを解消し、個々の細胞の異なる振る舞いをより正確に捉えることが可能です。

プラン例）
シングルセル解析　10X GENOMICS社 Single Cell Gene Expression Flex
使用機種：NovaSeq X plus
ライブラリ調整：Chromium Fixed RNA Kit
サンプル：ヒト（4サンプルから受注可能）、マウス（8サンプルから受注可能）
read量：約1 billion read pair/Lane（4サンプル単位）相当
解析：Cell Ranger解析
納品形態：HDD納品