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概要

エピゲノムシーケンスは、遺伝子の機能に影響を与えるエピジェネティクス情報の集合体であるエピゲノムを解析します。 この技術により、DNAやヒストンの化学修飾の位置や数を高精度に検出することが可能です。

DNAのメチル化やヒストン修飾の解析を通じて、疾患の治療や予防法の発見、さらには食品の機能性の探索など、幅広い応用が期待されるツールです。

弊社では、DNAやメチル化を調べるために＜バイサルファイト処理＞を用いたバイサルファイトシーケンスや、ヒストンのエピゲノムを調べるための＜クロマチン免疫沈降法＞を用いたChIP-Seqなどのサービスを提供しており、1検体から対応可能です。

その他にもエピゲノム解析についてご不明な点などございましたら、お気軽にこちらからお問い合わせください。

対応機種

NovaSeq X Plus (Illumina社)

対応ライブラリ調製キット

▪  Accel-NGS Methyl-Seq DNA Library
gDNAをお預かりしてEZ DNA Methylation kitを使用しバイサルファイト処理、 その後ライブラリ調製を実施します。

▪  TruSeq ChIP Library Prep Kit
IP済みDNAをお預かりしてライブラリ調製を実施します。

▪  SureSelect Human Methyl-Seq
▪  SureSelect Mouse Methyl-Seq
メチル化領域をターゲットとしてキャプチャし、Bisulfite変換を行った後、増幅してライブラリ調製を実施します。

その他記載にないキットをご希望の場合はこちらからご相談ください。

解析フローと納期

サンプル到着からRaw data納品を平均1～1.5か月で実施いたします。
※特殊案件でなく、機器トラブルなどが無い場合
※ライブラリQCについては、QC後問題がなければ特にご連絡はいたしません。

各ステップごとのサンプル状態に合わせて依頼内容をご選択いただけます。
※ ④のみの場合は弊社でシーケンスしたもののみの取り扱いとなります。
※ ③～をご希望のお客様はRun onlyでのご案内となります。
  詳細はこちら

サンプルQC基準値

データ解析例

▪  Mappping
取得したシーケンスデータが、ゲノム上のどの位置に対応する配列かを参照配列（リファレンス配列）と照合します。

▪  Peak Call
各Peakのゲノム上での位置が確認できます。
このデータを利用してクロマチンの開閉状態などを網羅的調べることも可能です。

▪  Methylation Level
バイサルファイトシーケンスで得られたリードを用いて、メチル化塩基の検出を行い、メチル化率を算出します。

▪  Differential methylation region
サンプルの個体間や群間で異なるメチル化を検出しています。 ペアでの解析となり、2サンプルから対応可能です。

▪  その他
記載にない解析をご希望の場合はこちらからご相談ください。

プラン例

プラン例1）
ChIP-Seq、Peak Call解析希望の場合

機種 NovaSeq X Plus

ライブラリ調製 TruSeq ChIP-Seq Library Prep Kit

リード長 150PE

データ量 6Gb/sample

データ解析 Mapping、Peak Call解析

納品形態 ダウンロード納品*

※結果報告メールに記載のリンクよりデータをダウンロードいただきます。

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プラン例2）
バイサルファイトシーケンス、Methylation Level解析希望の場合

機種 NovaSeq X Plus

ライブラリ調製 Accel Methyl-Seq DNA Library Kit

データ量 150Gb/sample

データ解析 Methylation Level

納品形態 HDD納品*

※本プランのようにデータ量が多い場合は、HDD納品が必須となります。詳しくはお問い合わせください。