キャンペーン

https://macrogen-japan.co.jp/event-1001/

概要

トランスクリプトームシーケンス（RNA Sequence、以下RNA-Seq）は遺伝子の網羅的な発現解析を行う手法です。 messenger RNA（mRNA）やnon-coding RNA（ncRNA）などの配列情報を得ることができるため、遺伝子の発現定量をはじめ、未知の遺伝子やnon-coding RNAの発見にも貢献します。

弊社ではRNA抽出からデータ解析（発現量算出、発現量比較解析など）まで包括したサービスも提供しております。

また、ストランド特異的mRNAシーケンスだけでなく、微量RNA用シーケンスや、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプル由来のRNAシーケンスなども対応可能です。

40Million(M) reads/sampleから10M reads単位でリード数（データ量）を指定いただけますので、ご希望のデータ量をご選択いただけます。 適切なデータ量が不明な場合は、お気軽にこちらからお問合わせください。

対応機種

NovaSeq X Plus (Illumina社)
PacBio Revio (PacBio社)

対応ライブラリ調製キット

▪  TruSeq stranded mRNA
真核生物のpolyA構造を特異的にキャプチャー後、ライブラリ調製を実施いたします。
ストランド情報ありのキットです。

▪  Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus
Total RNAの7～8割を占めるリボソームRNA（rRNA）を除去後、ライブラリ調製を実施します。
グロビンRNA除去も可能なため、ヒト血液由来のTotal RNAの場合はこちらをご選択ください。
ストランド情報ありのキットです。

▪  SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing
微量サンプル用のライブラリ調製キットです。
SMART（Switching Mechanism At 5’End of RNA Template）技術にLNA（Locked Nucleic Acid）技術等を
組み合わせた手法で、超微量なTotal RNAからもcDNAを調製することができます。
ストランド情報なしのキットです。

▪  TruSeq RNA Exome
FFPE由来のサンプル用のライブラリ調製キットです。
Total RNAを既知のストランド由来のテンプレート分子に変換し、コーディングRNAを配列特異的にキャプチャーします。
ストランド情報なしのキットです。

その他記載にないキットをご希望の場合はこちらからご相談ください。

解析フローと納期

サンプル到着からRaw data納品を平均1～1.5か月で実施いたします。
※特殊案件でなく、機器トラブルなどが無い場合
※ライブラリQCについては、QC後問題がなければ特にご連絡はいたしません。

各ステップごとのサンプル状態に合わせて依頼内容をご選択いただけます。
※ ④のみの場合は弊社でシーケンスしたもののみの取り扱いとなります。
※ ③～をご希望のお客様はRun onlyでのご案内となります。
  詳細はこちら

サンプルQC基準値

※ご選択頂くkitに依存して基準値が異なります。

データ解析例

▪  Mapping
取得したシーケンスデータが、ゲノム上のどの位置に対応する配列かを参照配列（リファレンス配列）と照合します。（bam file納品）

▪  Expression profile（発現量算出）
リード数を各手法で補正した値を納品します。
FPKM（Flagments Per Kilobase of transcript per Million mapped）、TPM（Transcripts Per Million）の値を算出します。（xlsx納品）

▪  DEG解析（発現量比較解析）
異なる条件やグループ間などの2群間（test vs control）の発現量が大きく変動した遺伝子を抽出します。変動値（fc値）、統計解析（p値）を実施してリスト化したもの、ボルケーノプロットなどでグラフ化したものを納品します。（vcf納品）

▪  GO解析（Gene Ontology解析）
DEG解析で有意差のあった発現変動遺伝子を遺伝子全体と比較して、有意に多く発現した遺伝子機能（GO term）を抽出します。
リストアップした結果とドットプロットなどの形式で納品します。（vcf納品）

▪  KEGG解析（パスウェイ解析）
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）を利用したパスウェイ解析を実施します。
DEG解析で有意差のあった発現変動遺伝子が、どのような生物学的経路を調べ、可視化するための手法です。（vcf納品）

▪  その他
記載にない解析をご希望の場合はこちらからご相談ください。

プラン例

プラン例1）
真核生物の場合

機種 NovaSeq X Plus

ライブラリ調製 TruSeq stranded mRNA

リード長 100bp Paired End (100PE)

データ量 4Gb（40M reads）/sample

データ解析 DEG+GO解析

納品形態 ダウンロード納品*

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プラン例2）
微量RNAサンプルの場合

機種 NovaSeq X Plus

ライブラリ調製 SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing

リード長 100bp Paired End (100PE)

データ量 4Gb（40M reads）/sample

データ解析 DEG+GO解析

納品形態 ダウンロード納品*

※結果報告メールに記載のリンクよりデータをダウンロードいただきます。
※検体数が多く、データ量が大きくなる場合はHDD納品が必須となります。
 詳しくはお問い合わせください。