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https://macrogen-japan.co.jp/event-1031/
概要
メタゲノム解析は、環境サンプルに存在する細菌等の微生物を解析対象としています。
腸内フローラ、下水道、地中などから抽出したgDNAやRNAの塩基配列を取得し、
サンプル内の多様性や生態系の機能を解明するための網羅的な解析ツールです。
弊社では、アンプリコンシーケンスと同様の手法で増幅したrRNAを解析し、データベースを用いて
サンプルに存在する細菌の種類や存在量を検出する菌叢解析を提供しています。
また、環境サンプルから抽出したDNAを解析し、機能組成の検出が可能なショットガンメタゲノム解析も1検体から実施可能です。
さらに、RNAを対象としたメタゲノムトランスクリプトーム解析や、ロングリードメタゲノム解析も提供しています。
アンプリコン産物や抽出作業からの対応も可能ですので、メタゲノム解析に関するご質問やご不明な点がございましたら、お気軽にこちらからお問い合わせください。
対応機種
NovaSeq X Plus (Illumina社)
MiSeq i100 (Illumina社)
PacBio Revio (PacBio社)
対応ライブラリ調製キット
▪ ショットガンメタゲノム解析
- TruSeq DNA PCR-free
Library Kit
- TruSeq Nano DNA
Library Kit
- Nextera DNA XT
※ NovaSeq X Plusでのシーケンスを実施します。
▪ メタトランスクリプトーム解析
- Illumina Stranded
Total RNA with Ribo-Zero Plus Kit
※ 宿主および汎細菌rRNAの除去を行います。
NovaSeq X
Plusでのシーケンスを実施します。
▪ 16S/ITS
rRNA菌叢解析、アンプリコンシーケンス
- 1st
PCR~（V3-V4領域、ITS領域）
- 2nd
PCR~（ライブラリ作製）
※ 1st PCR産物をお預かりして、2nd
PCR~弊社で実施することも可能です。
MiSeq i100でのシーケンスを実施します。
▪ ロングリードメタゲノム解析
- SMRTbell prep kit 3.0
Full-length 16s Library
※ 16S全長を対象としています。
PacBio
Revioでのシーケンスを実施します。
その他記載にないキットをご希望の場合はこちらからご相談ください。
解析フローと納期
サンプル到着からRaw
data納品を平均1～1.5か月で実施いたします。
※特殊案件でなく、機器トラブルなどが無い場合
各ステップごとのサンプル状態に合わせて依頼内容をご選択いただけます。
※
④のみの場合は弊社でシーケンスしたもののみの取り扱いとなります。
※ ③～をご希望のお客様はRun onlyでのご案内となります。
詳細はこちら
サンプルQC基準値
※（350）、（550）は選択可能なライブラリのインサートサイズとなります。
データ解析例
▪ ASV（Amplicon Sequence Variant）解析
菌叢解析実施後のリード配列をASVとして振り分けし、生物の種類を分類します。Taxonomy解析、Diversity解析が含まれます。
- Taxonomy解析
各ASVの分類結果とASVの配列数を集計することで、サンプルに存在する生物分類の割合や配列数が得られます。
円グラフや棒グラフで表されます。
- Diversity解析
Diversity解析はαとβの2種類の解析があり、αでは生物種の多様性を、βでは群集構造を解析しています。
ヒートマップや樹形図などで表されます。
▪ その他
記載にない解析をご希望の場合はこちらからご相談ください。
プラン例
プラン例1）
16S
rRNA菌叢解析の場合
機種
MiSeq i100
ライブラリ調製
16S V3-V4Primerを使用した1st PCR ～ 2nd PCRを実施
リード長
300bp Paired End
データ量
約10万リード/sample
データ解析
ASV解析
納品形態
ダウンロード納品*
プラン例2）
ショットガンメタゲノム解析の場合
機種
NovaSeq X Plus
ライブラリ調製
TruSeq Nano DNA 350 (META) Kit
リード長
150bp Paired End
データ量
10Gb/sample
データ解析
Raw data
納品形態
ダウンロード納品*
※結果報告メールに記載のリンクよりデータをダウンロードいただきます。
※結果報告メールに記載のリンクよりデータをダウンロードいただきます。
