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PacBio RSII/Sequel

概  要

  • 多様な研究に貢献するロングリードシーケンス
  • PacBio RSII/Sequelは、これまでと比べて長いリードを得ることができる次世代シーケンサーです。 得られるロングリードシーケンスデータは、 De novo全ゲノムシーケンスのアセンブルを容易にするだけでなく、 ゲノムの構造解析、転写産物のアイソフォーム同定などにも貢献します。

  • ロングリードを実現する一分子リアルタイム (SMRT®)技術
  • 本シーケンサーは、一分子リアルタイム (SMRT®)技術を採用しています。 SMRT技術では、リン酸および蛍光色素が結合した核酸を用いることで、自然なDNA合成反応を蛍光検出します。 DNA合成反応は、SMRTセル上に搭載された数千個にもわたるZero-Mode Waveguides (ZMWs)内で行われます。 ZMWs内には一分子のDNAポリメラーゼが固定されており、DNAポリメラーゼとテンプレートの複合体の固定面にのみ光を当て、蛍光を検出します。 これにより、一分子レベルのシーケンスが可能となります。

  • 幅広いGC含量のサンプルに対応
  • 従来のシーケンサーとは異なり、SMRT技術はPCR増幅を介さないため、 幅広いGC含量のゲノムDNAに対応しています。

  • ショートリードとロングリードを駆使したマクロジェン・ジャパンの全ゲノム解析
  • マクロジェングループが保有する、多様なショートリード/ロングリードシーケンサーを使用することにより、多様な生物の全ゲノム解析に最適なソリューションを提供致します。これまで全ゲノム解析が困難であった生物種についても、ぜひご相談ください。


対応可能なアプリケーション*1

  • De novo 全ゲノムシーケンシンス解析
  • PacBio RSII/Sequelを用いた次世代シーケンス解析により、全ゲノム配列が同定されていない生物種の全ゲノム配列を決定します。

    お預かりするサンプル
     ・ゲノムDNA

    データ解析*2
     ・Hierarchical Genome Assembly Process (HGAP)
     ・ショートリードシーケンスデータと複合したGap Filling/Closing

  • 転写産物アイソフォームシーケンス解析 (Iso-Seq)
  • PacBio RSII/Sequelを用いた次世代シーケンス解析により転写産物アイソフォームを同定します。

    お預かりするサンプル
     ・トータル RNA (ショットガン転写産物アイソフォームシーケンス解析)
     ・ターゲット転写産物を増幅したPCR産物など (ターゲット転写産物アイソフォームシーケンス解析)

    データ解析*2  ・転写産物アイソフォームリスト
     ・融合遺伝子の探索

  • ターゲットシーケンス解析
  • PacBio RSII/Sequelを用いた次世代シーケンス解析により、ターゲット領域の塩基配列を決定します。

    お預かりするサンプル
     ・市販のキット等でキャプチャーしたPCR-Freeのターゲット領域
     ・ターゲット領域を増幅したPCR産物

    データ解析*2
     ・アセンブリ
     ・リファレンス配列へのマッピング
     ・その他 お預かりしたサンプルに応じた解析

    *1シーケンス解析の一例です。記載のない解析もご相談ください。
    *2データ解析の一例です。記載のない解析もご相談ください。



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