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シーケンス結果を用いて投稿予定ですが必要な情報を教えてください。

•　Sequencing Kit : ABI BigDye™ Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kits
•　Sequencer : ABI 3730xl Analyzer (96 capillary type)
•　PCR machine : BioRad DNA Engine Dyad PTC-220
•　Seuencing protocol；
Sequencing reactions were performed in a BioRad DNA Engine Dyad PTC-220 Peltier Thermal Cycler using the BigDye™ Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit(Thermo Fisher Scientific), according to manufacturer's instructions. Single-pass sequencing was performed on each template using [universal or your own] primers. The fluorescent-labeled fragments were purified from the unincorporated terminators either by ethanol precipitation method or using the BigDye XTerminator™ Purification Kit(Thermo Fisher Scientific). The samples were analysed by a 3730xl DNA Analyzer (Thermo Fisher Scientific).

解析結果グラフにあるPhred Scoreとは何ですか？

Phredとは、
Base callingプログラムであり、シーケンサが作り出したイメージファイル(ABI, SCF, ESDなど)を読み込み、Fasta formatに変換するプログラムです。グラフイメージ中のchromatogramの曲線を見て適切なBaseを指定するとともにスコアまで作りファイルにし、Fourier Transform Algorithmが使用されます。
Phredから得られたスコアをQV (Quality Value)にて塩基配列の正確さを判定することができるようにQVを割り当てております。　QVを単純に「Phred　Score」とも呼ばれます。

QV = -10 * log (P)

Phred　Scoreが20の塩基配列のエラー確率は10-2（正確度99％）
Phred　Scoreが30の塩基配列のエラー確率は10-3（正確度99.9％）
Phred　Scoreが40の塩基配列のエラー確率は10-4（正確度99.99％）

サンプルおよび解析結果の保存期間は？


	お送りいただいたサンプルは、弊社到着から1ヶ月間保管いたします。オーダー様式でサンプル保存の【希望しない】を選択された場合には、サービス終了後に処分いたします。解析データは弊社のサーバーに1ヶ月間保存いたしますので、その間に必ずデータの保存をお願いいたします。

プライマーはどのように準備して送ればいいのでしょうか？

サンプル試料と混合せず、必ず別の1.5mlチューブにご用意ください。
5 pmol/ul に調整した溶液を基本量10ulに、追加1反応につき2ulを足した量をお送りください。弊社にてプライマーの濃度確認が行えないため、プライマーの濃度が正確でない場合、良好な結果が得られない可能性が御座います。必ずプライマーの濃度をご記入くださいますようお願い申し上げます。

シーケンシング用のプライマーはPAGEおよびHPLC精製以上の品質がお勧めですが、OPC精製においても同様の水準のqualityが保障されるのであれば問題ありません。GC contentは40-60％程度、dimer formationおよびhair-pin formationが4bp以上にならないよう、また、end stabilityが高くないようにデザインしてください。50℃(単一条件下)でannealingするため、Tmは50-58℃をお勧めします。

弊社保有のユニバーサルプライマーをご利用の際は、必ずプライマーの配列をご確認の上、ご選択ください。稀なケースですが、いくつかのベクターにて、ベクターマップに該当する配列があるにも関わらず、結合しない場合が御座います。（ex. PET, pCL, pENTR, pDONR etc.）

DNAはどのように準備した方がいいですか？

Plasmid DNA (high copy number) は100-200ng/ul、PCR産物は50-100ng/ul手移動の濃度で1.5mlチューブにご用意ください。ご依頼の反応数に応じて、基本量10ulに、追加1反応につき3ulを足した量をお送りください。
試料に、Salt, EDTA, protein, carbohydrate, RNA, EtOH, primer dimerなどが残っていると、シーケンシング反応の過程、あるいはキャピラリー内でinhibitorとして作用する場合もありますので、純度の確保には特に留意ください。

追加反応とは？


	弊社のシーケンス解析を行い、保管期間内のサンプルにつきまして、別プライマーでの解析を指します。追加反応は、通常のサービス料金が発生いたします。

再反応を依頼するには？

解析結果をご査収いただき、弊社の実験過程に問題があると判断される反応につきまして、無料にて同様の反応を行うサービスを指します。
再反応をご希望される場合は、再反応申請書に必要事項をご記入の上、order@macrogen-japan.co.jpにお送りください。

Trouble shooting guideに記載される配列等、改善の困難な解析結果によっては、ご要望にお応えできない場合が御座いますので、予めご了承ください。

サンプル受付はいつも可能ですか？


	土日、祝日は休業日となりますので、平日以外のサンプル受付はできません。宅配業者で保管していただき、休み明けに弊社着となります。尚、お盆や年末年始の営業日に関しましては、【新着ニュース】でお知らせします。

納品(塩基配列結果報告)まで必要な時間は？


	精製済のDNAをお送りいただいた場合、弊社にサンプルが到着してから、48営業時間以内の納品を保証しています。ただし、未精製PCR産物の場合、追加で24時間ほど必要になる場合も御座いますので、詳しくはカスタマーセンター（customer@macrogen-japan.co.jp）までお問い合わせください。

サンプル送付において宅配便は指定されていますか？


	基本的にはヤマト運輸での送付をお願いしておりますが、お客様のご利用し易い配送方法でお送りいただいて構いません。

塩基配列解析を依頼したいのですがどうすればいいですか？

1, 【マイページ】のアカウント作成から、お客様登録を行ってください。
2, 弊社から【お客様ID】を発行し、メールでお知らせします。
(既にお客様IDをお持ちの方は3,からご用意ください。)
3, マイページよりログインしていただき、Sequencingを選択後、
　必要事項をご入力いただきまして、ご依頼内容をご登録ください。
4, サンプルとオーダー様式印刷物を着払いで弊社にお送りください。

管理者ログイン

本社・ゲノムセンター		〒135-0064 東京都江東区青海2丁目4番32号タイム24ビル16F TEL　03-5962-1124 ㈹　　　FAX　03-5962-1128

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